Nació en Egipto, Alejandría, en el año 295. de una familia griega o enteramente helenizada, y sin duda también cristiana. El obispo de Alejandría, Alejandro, puesto en contacto con los padres, se encargó de proveer a su educación. Terminada ésta, Estudió derecho y teología. Se retiró por algún tiempo a la vida solitaria, haciendo amistad con los ermitaños del desierto. Regresando a la ciudad, se dedicó totalmente al servicio de Dios.
Las persecuciones de Diocleciano y sus Augustos y Césares marcaron su infancia y adolescencia: la persecución fue muy dura y particularmente sangrienta en Egipto, pero también abundosa en mártires y confesores de la fe, aunque tampoco escasearon las cobardías, lo que dio lugar al problema de los lapsi o «apóstatas arrepentidos», y al consecuente cisma de los rigoristas intransigentes, con Melecio en cabeza, frente a la postura indulgente y reconciliadora de los obispos alejandrinos: Pedro —mártir él también— y su sucesor Alejandro.
En su tiempo, Arrio, clérigo de Alejandría, propagaba la herejía de que Cristo no era Dios por naturaleza. Para enfrentarlo se celebró el primero de los ecuménicos, en Nicea, ciudad del Asia Menor. Atanasio, que era entonces diácono, acompañó a este concilio a Alejandro, obispo de Alejandría. Con doctrina recta y gran valor sostuvo la verdad católica y refutó a los herejes. El concilió excomulgó a Arrio y condenó su doctrina arriana.
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Autor capital y admirado en la historia del dogma, San Atanasio escribió numerosas obras sobre las controversias arrianas, como su Discurso sobre la Encarnación del Verbo; es autor también del documento más importante del cristianismo primitivo sobre el monacato, la Vida de San Antonio. Hombre de carácter impetuoso y tenaz, tuvo amigos entusiastas y enemigos encarnizados; en su fe, alimentada por un misticismo fervoroso y por una rígida moral, se preocupó ante todo de defender la realidad de la Redención por la encarnación de Jesucristo, verdadero Dios y verdadero hombre, y la independencia de la Iglesia de la autoridad política. Fue el duro y tenaz luchador que requerían el tiempo y las circunstancias.
A mediados del año 328, moría el obispo Alejandro, y al cabo de unas semanas de sede vacante, durante las cuales parece que hubo algunas maniobras de rivales, aunque no como insinúa el historiador proarriano Filostorgio, todo el pueblo católico proclamó unánime como sucesor a Atanasio, que fue consagrado obispo de Alejandría el 8 de junio. Las dificultades provenían, sobre todo, del hecho de estrenarse un nuevo procedimiento de elección, establecido por Alejandro.
De momento, tanto los cismáticos melecianos como los herejes arrianos le dejaron en paz y en calma, como parece reflejar su primera carta pascual de 329, ventaja que él aprovechó para realizar su primera visita pastoral a su vastísima diócesis. Esta ausencia suya de Alejandría dio ocasión a los melecianos para intentar despojarle de su sede, y a los arrianos para iniciar sus ataques, más personales que doctrinales, contra él.
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En otoño de 334, Constantino invitó a Arrio a personarse en la corte de Nicomedia. Arrio presentó al emperador una «profesión de fe. tan cuidadosamente equívoca —según podemos comprobar en la obra de Sozomeno— que, aun no llevando expreso el término homooüsios, podía perfectamente ser tomada en sentido ortodoxo, por lo que el emperador mandó que Atanasio reincorporase a Arrio en su puesto de la Iglesia alejandrina. Atanasio, al que no engañaba la cauta profesión de fe del hereje, se opuso a esa readmisión, lo que provocó no poco descontento en la corte imperial y general revuelo entre melecianos y arrianos.
Durante dos años permaneció Atanasio en esta ciudad, al cabo de los cuales, al morir Constantino, pudo regresar a Alejandría entre el júbilo de la población. Inmediatamente renovó con energía la lucha contra los arrianos y por segunda vez, en 342, sufrió el destierro que lo condujo a Roma.
Ocho años más tarde se encontraba de nuevo en Alejandría con la satisfacción de haber mantenido en alto la verdad de la doctrina católica. Pero sus adversarios enviaron un batallón para prenderlo. Providencialmente, Atanasio logró escapar y refugiarse en el desierto de Egipto, donde le dieron asilo durante seis años los anacoretas, hasta que pudo volver a reintegrarse a su sede episcopal; pero a los cuatros meses tuvo que huir de nuevo. Después de un cuarto retorno, se vio obligado, en el año 362, a huir por quinta vez. Finalmente, pasada aquella furia, pudo vivir en paz en su sede.
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En plena actividad de su ministerio episcopal, la muerte sorprendió a este veterano y valentísimo luchador, la noche del 2 al 3 de mayo de 373, rodeado de un clero al que nunca falló y al que no había dejado de animar en la lucha por la ortodoxia; de unos monjes que tantas veces habían compartido con él no sólo techo y pan, sino también la vida, pues le consideraban uno de ellos; y de unos fieles que tantas veces le protegieron y hasta expusieron su vida por defenderle contra los soldados, a él que consideraban su verdadero padre, su «papa».
No fue mártir, pero toda su vida fue un martirio. Confesor de la fe por excelencia, en seguida, tras su muerte, fue objeto del más fervoroso y rendido culto, animado por los panegíricos de las personalidades más relevantes del momento, entre ellas San Gregorio de Nacianzo, quien, después de proclamarlo «pilar de la Iglesia» y «padre de la ortodoxia», dado que «su modo de vivir era la regla del episcopado, y su fe la ley de la ortodoxia», añade: «El fasto de sus exequias sobrepasa los honores que recibió en ocasión de su regreso del destierro, y a pesar del río de lágrimas que provoca, la idea que de sí mismo dejó en el espíritu de todos excede con mucho las manifestaciones exteriores».
Su fiesta se celebró, desde un principio, el 2 de mayo. El Concilio II de Constantinopla (553) le cita corno el primero de los grandes doctores de la Iglesia.
